駿府教会の歴史は、1890年（明治23年）に開かれた日本基督教会静岡講義所にまで遡ります。
初代牧師は光小太郎と言いました。
1925年、日本基督教会静岡教会となり、「独立教会」となりました。そして1942年、日本基督教団駿府教会と改称して現在に至ります。
16世紀スイスの宗教改革者ジャン・カルヴァンの流れを汲む、改革長老教会の一員として、歩んできました。長らく水落町に教会堂を構えていましたが、2008年、現在の静岡市葵区相生町に移転しました。2025年は活動開始135周年、教会独立100周年の節目を迎えます。
